時至三國時東吳重建城邑并更名為“建業”立為國都，待東晉時續又更名“建康”。

然而隋文帝平陳攻入建康，竟將宮城市井毀于一炬，而使六朝繁華化為灰燼。（隋唐）先后改過白下、上元。唐代時歸為揚州所轄后又重建并改名“升州”，

五代之后

金陵、建業、建鄴、建康、升州、江寧、集慶、應天等名。

明成祖時國都北遷，應天府改稱南京。

太平天國稱之為天京、

清朝稱為江寧，

辛亥革命以后再改稱南京至今。

其中應天府比較特殊，不是正式的地名。應天府是指京城所在，通俗的講就是皇帝在哪里，哪里就是應天府，宋朝的應天府在開封府，明朝的應天府先在南京，后來遷都北京，應天府也就北移了。