這次遠征的目的地是嚴格保密的，只有極少數高級官員知道是前往埃及。直到最后一分鐘，官方還稱它是英吉利軍團的左翼兵力，并宣稱他們要經過直布羅陀海峽，繞過西班牙，去愛爾蘭登陸。這個消息傳到英國海軍司令納爾遜的耳朵里，他信以為真。當法國海軍離開海港，直奔馬耳他島時，他卻在直布羅陀海峽防守著拿破侖。

馬耳他島位于地中海中部，是大西洋通往地中海東部和印度洋的交通要道，也是地中海最好的港口。當時島上有居民３萬人，由耶路撒冷圣約翰騎士團據守。６月１０日，法國艦隊抵達該島，拿破侖立即派兵登陸。島上的騎士只作了些象征性的抵抗便投降了。拿破侖宣布此島為法蘭西共和國領土，并廢除了圣約翰騎士團，沒收了他們的土地，建立了新政府。６月１９日，法國艦隊離開該島，同時留下４０００名法軍據守馬耳他，以確保地中海法軍的航運能夠暢通無阻。

６月３０日，法國艦隊順利到達亞歷山大港附近的埃及海岸。拿破侖派出一艘巡洋艦前往亞歷山大港偵察。不久，這艘巡洋艦就從亞歷山大港返回，并帶來了法國領事馬嘉隆。從這領事口中得知：在法軍到達亞歷山大港以前４８小時，英國艦隊就已到了這里，并到處打聽拿破侖的動向。原來，納爾遜獲悉法軍占領了馬耳他島后，便大呼上當，他斷定法軍的目的地是埃及。于是，他拉起所有的船帆，取最短的航線，直奔埃及，想不等法軍登陸便把他們消滅在大海里�？墒撬^于性急，致使英國海軍走得太快，等他到亞歷山大港時，根本不見法軍蹤影。他向當地居民打聽，可當地人壓根就沒聽說過什么拿破侖。納爾遜又糊涂了，既然法軍不去埃及，又會上哪里去呢？他又一次自作聰明地斷定法軍的目標是君士坦丁堡，他立刻率領艦隊直奔君士坦丁堡。

拿破侖害怕納爾遜會隨時回來，決定立即登陸。此時海面波濤洶涌，狂風大作，天氣極其惡劣。海軍司令為了安全起見，主張再等幾個小時登陸，他斷言幾天之內納爾遜是不會回轉的。但是遭到拿破侖的嚴詞拒絕，他說："時間緊迫，命運只給我３天時間，如果我不充分利用，我們就失敗了。"海軍司令不得不發出全體登陸的信號。

盡管登陸十分艱難，許多人溺死在海中，但最終還是完成了登陸。７月２日凌晨１時，法軍踏上了埃及土地。３時許，拿破侖親自率領３個師向亞歷山大港出發。幾個小時后，亞歷山大港便落入拿破侖手中。

拿破侖在亞歷山大港停留了６天。期間，他用阿拉伯文向當地居民發出了一份宣告，其內容如下：

"統治埃及的貝伊們曾長期侮辱法國，傷害它的商人們，他們受懲罰的時刻已經到來了。

"從喬治亞和高加索買來的奴隸中的這批暴徒，很長時間以來在世界的這塊最美麗的土地上實行暴政；但是，真主，一切都從屬于他的真主已經下令：他們的統治應該結束。

"埃及各族人民，你們會被告知，說我是來消滅你們的宗教的，不要相信這種話！回答是：我是來恢復你們的權利和懲罰那些篡奪者的，我比馬穆魯克①更尊敬真主，尊敬他的先知和《古蘭經》。

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①馬穆魯克原意為奴隸。埃及在法蒂瑪王朝時從希臘、高加索等處招募奴隸組成禁衛軍，即稱為馬穆魯克。１３世紀后，他們的軍官控制了埃及，成了屬于土耳其奧斯曼帝國的埃及的實際統治者，被稱為馬穆魯克貝伊。貝伊原意為地方上的執政者。馬穆魯克有時也被用來稱當時統治埃及的貝伊們所統率的土耳其——埃及部隊。

"說在真主面前人人品等，人與人之間只有聰明、才智和品德上的差別。但是，馬穆魯克有些什么樣的聰明、才智和品德，他們卻獨占了使生活滿意和美好的一切手段呢？……

"埃及人應該被召喚來擔任所有公職；最有智慧、最有學問和最有德行的人應該執行政務，人民應該得到安樂。

"你們有過一些大城市、大運河和巨大的貿易。如果不是馬穆魯克貪婪、不公正和推行苛政，是什么東西把所有這一切都毀壞了呢？

"律法師們、酋長們、阿訇們，請告訴人民：我們是穆斯林的真正朋友�！�

"極其幸福的人將是那些為我們效力的人！他們將在事業和地位兩個方面都取得成功。幸福的人將是那些保持中立的人！他們將有時間學習，以便了解我們，而他們將使自己站在我們一邊。

"可是，災殃——成３倍的災殃將降臨到那些為馬穆魯克拿起武器同我們作戰的人身上！他們不會有任何希望，他們將滅亡。

"第一條，位于部隊經過的地方９英里內的所有村莊應派一名代表報告指揮軍隊的將軍：他們是忠順的，并且已經懸掛了藍、白、紅的部隊旗幟。

"第二條，所有拿起武器與部隊為敵的村莊將被焚毀。

"第三條，所有投誠的村莊應把我們部隊旗幟與蘇丹的旗幟一起懸掛。

"第四條，各個部落的酋長應把屬于馬穆魯克的貨物、房屋和財產封存起來，并注意不得有任何侵吞。

"第五條，部落酋長、律法師和阿訇應繼續履行自己的職責。所有居民應留在家里，并照常祈禱。大家應為消滅馬穆魯克而感謝真主，并高呼：'光榮歸于蘇丹！光榮歸于他的朋友法蘭西部隊！把馬穆魯克逐出教門，幸福屬于埃及人民！'"

６天之后，拿破侖命克萊貝爾為當地和全省司令官，率約９０００衛戍部隊留守亞歷山大，自己則率其余軍隊向開羅進發。

這是一年中最炎熱的季節。全軍要在幾乎是無水的沙漠里作長達６０公里的行軍，官兵們第一次真正認識到這場戰爭的艱苦性。浩翰的沙漠烤灼在直射的驕陽下，水成了最珍貴的東西。鄉村居民在慌亂中起家出走，臨走時往井里下了毒或將泉水掩蓋起來。法軍沒有準備熱帶服裝，甚至連水壺也沒帶，部隊渴得要命，可除了令人惡心的咸水塘外，找不到任何解渴的東西�？諝庵谐錆M了毒蟲，黃沙的灼光減弱了大多數人的視力，許多人因此而失明，路途中不見人蹤獸跡和草木，只有阿拉伯騎兵神出鬼沒，不時地襲擊掉隊的法軍。士兵們怨聲載道，難道司令許給每人的６畝土地就在這里？軍官們也無法忍受這惡劣的環境，被派往貝達的狄舍將軍寫信給拿破侖說："我求求你，別再讓我們留在這個地方，士兵們已經灰心喪氣、竊聲抱怨了。命令我們前進或者后撤吧。各個村莊盡是小茅屋，一點財源也沒有。"就連繆拉和拉納這樣英勇無畏、久經考驗的將領也忍不住發起牢騷，他們憤怒地把帽徽踩入沙中。惟有拿破侖一人超然于這一切災難之上，他是下了決心要把這場戰爭進行到底。

盡管整個部隊疲憊不堪，但部隊每到一個城鎮都不得有一分鐘的休息，拿破侖的目標是繼續行軍，立即挺進開羅。法軍入侵的消息傳到開羅，開羅張燈結彩，貝伊們和他們的將軍們發出一陣陣歡呼聲，他們把法軍視為"待切的西瓜"，并保證每個馬穆魯克將帶回成百顆人心。于是，穆拉德貝伊率領２０００名馬穆魯克、２０００名土耳其步兵和６０艘船的小艦隊從開羅出發。

７月１３日夜間，拿破侖率軍沿尼羅河左岸向南進發，同時由卑雷指揮的一支法國艦隊也沿河上駛。拂曉時分，法軍抵達肖布臘克希，在這里遇上了穆拉德貝伊率領的馬穆魯克騎兵團。拿破侖立即將他的每個師都組成方陣。方陣里刺刀林立，寒光逼人。方陣的四角都設有火炮。為了能與河上的艦隊保持接觸，其中一個師的方陣緊靠尼羅河。日出之時，各團的樂隊在方陣中央奏起《馬賽曲》，準備迎接戰斗。

面對法軍方陣厚密的刺刀，馬穆魯克騎兵毫無懼色，他們喊叫著，發起了勇猛的沖擊，但很快就遭到法軍槍彈和葡萄炮彈的還擊，不得不敗下陣來。馬穆魯克騎兵再次沖鋒，但毫無戰果，法軍的方陣猶如銅墻鐵壁一般，紋絲不動。在法軍強大火力的逼迫下，馬穆魯克騎兵不得不退向開羅。

與此同時，尼羅河上的法國艦隊因遭到馬穆魯克艦隊的攔截而處境危險。法方死傷３０多人。正在這關鍵時刻，法國炮艇有一炮擊中了敵軍旗艦上的彈藥庫，所有乘員全被炸死，敵軍艦隊大亂，慌忙撤退，法軍艦隊轉危為安。

戰斗結束后，拿破侖立即發動追擊。盡管天氣酷熱，法軍還是兼程挺進。７月２０日黃昏，他們到達了尼羅河的分叉點，這里距開羅僅１５公里，排列整齊、雄偉壯觀的金字塔就在眼前。正當大家面對金字塔贊嘆不已時，拿破侖登上了一個山坡，他發現馬穆魯克兵早已在尼羅河兩岸嚴陣以待，左岸上是穆拉德貝伊軍，右岸上是易卜拉欣貝伊軍。

７月２１日凌晨２時，金字塔群附近的開闊地帶旌旗蔽日，殺氣騰騰，穆拉德軍與法軍都擺開陣勢，準備決一雌雄。一場著名的金字塔大戰開始了。

馬穆魯克一方的中央是精銳的騎兵軍團，由１２０００名騎士組成。騎士們個個身穿白袍，頭插羽毛，手中的刀劍、長矛閃閃發光。騎兵軍團的右翼是２萬名土耳仆人和阿拉伯人組成的步兵軍團。他們的陣地上構筑著一道道土壘，土壘后面設置著４０門舊式大炮。騎兵軍團的左翼，是幾千名阿拉伯游牧部落士兵，他們有的徒步，有的騎馬，有的騎駱駝，服飾和武器雜亂無章。

拿破侖和他的參謀們來到前沿，仔細觀察敵陣和周圍地形，他們很快發現了馬穆魯克軍的幾個弱點：騎兵軍團的隊列十分松散，步兵軍團更是混亂不堪；土壘非常簡易，不足以阻擋步兵的攻擊；鐵炮安置在無法移動的海軍式炮架上。拿破侖觀察完畢，便對各師團下達具體作戰方案，每個師團組成一個方陣，５個師團面向敵軍一字排開。

上午１１點左右，一陣陣戰鼓聲和軍號聲響了起來。法軍狄舍師團首先向前緩緩移動。幾分鐘后，其他幾個師團也邁步前進。

看到法軍方陣逐漸逼近，穆拉德貝伊的臉上露出輕蔑的冷笑。他拔出戰刀，在空中劃了一個弧形，大聲叫道："勇士們，真主保佑我們消滅這些可惡的異教徒。沖��！"剎那間，沙土飛揚，馬蹄聲大作，馬穆魯克兵發出狂野的呼喊，以排山倒海之勢撲向法軍方陣。

這時，法軍立即停止了前進。法軍指揮官命令各方陣第一排士兵臥倒在地，第二排士兵蹲下，第三排士兵直立著。這三排士兵舉槍瞄準，后面的士兵則迅速地向前傳遞裝滿彈藥的步槍。在各方陣前排出現的幾個豁口上，烏黑的炮口伸了出來，這是法軍的小型機動野戰炮。當馬穆魯克騎兵沖到離法軍僅５００米時，法軍指揮官高舉戰刀的手猛地往下一劈，法軍各方陣同時噴射出密集的子彈。

戰場上頓時槍炮齊鳴，人喊馬嘶。法軍的滑膛槍彈和榴霰彈將馬穆魯克騎兵成平地掃倒。不過幾分鐘，馬穆魯克的騎兵已被大量殺傷。少數騎兵沖得較快，奮不顧身地突入法軍方陣，砍倒了幾個法軍士兵，但隨后也都在刺刀叢中喪了命。還有幾股騎兵沖進了兩個方陣間的夾道里，結果被猛烈的交叉炮火殺死。馬穆魯克兵傷亡越來越嚴重，而法軍方陣卻巋然不動。無情的刺刀和轟鳴的炮火迫使馬穆魯克殘存的幾千騎兵不得不后撤。拿破侖乘勢揮軍前進，中央的狄舍師團迅速截斷了部分敵騎兵的退路，并將他們消滅。左翼的法軍很快突入敵步兵軍團陣地，毫無困難地越過土壘，奪取了那幾十門笨重的大炮。右翼的法軍也擊潰了部落兵，繳獲了數百頭駱駝。戰敗的敵人走投無路，成群地跳入尼羅河中，溺死者無數。來不及跳河的，均遭法軍殺戮，頓時尼羅河水被鮮血染得通紅。穆拉德貝伊率３０００殘兵倉皇逃走。右岸上的易卜拉欣貝伊見大勢已去，也率軍撤往敘利亞。

經過這兩個小時的苦戰，馬穆魯克兵嚇得魂飛魄散，他們稱拿破侖為"炮火之王"、"上帝之鞭"，從此，拿破侖的威名傳遍東方。法軍士兵也在這一仗中使遠征埃及所經歷的千辛萬苦得到了補償。他們從殺死的和溺死的馬穆魯克兵身上搜到了許多值錢的東西，一些士兵往往因一具尸體而大發橫財。

通往開羅的障礙被掃除了，法軍很快進駐了這個城市。嚇呆了的居民在沉默中迎接了征服者。拿破侖向開羅人士發出了下述公告："昨天，馬穆魯克兵非死即傷，我正派兵追逐逃脫了的散兵游勇。把你們河岸的船只放過來，并派代表團來通知我你們歸降，以面包、肉類、草料和大麥供應我的部隊。不要驚慌，要安靜如常，我確信再也沒有其他人比我更急于為你們的幸福效勞了。"

極度疲乏的法軍在開羅得到了大量食物，他們終于可以好好休息一下了�？赡闷苼霾]有閑下來，他以充沛的精力立即投入埃及的組織管理工作。他發出多道命令，號召法軍嚴格遵守軍紀，尊重伊斯蘭教的信仰和當地的風俗習慣，不得騷擾清真寺和當地婦女。拿破侖親自參加清真寺的禮拜活動，他甚至向阿訇們表示，自己也信仰伊斯蘭教，并請他們給自己講解《古蘭經》。經過多方考察，拿破侖決定在埃及各省成立行政、警務、征稅等機構。７月２７日，他以國家研究院院士及總司令的名義發出了下列命令：

"第一條，埃及各個省都應成立一個由７名成員組成的政府，負責照管本省的利益，告訴我民間所有的疾苦，防止村落之間的械斗，使用法國總督提供的武裝力量監督和懲治罪犯，并在任何必要的時候向人民發布指示。

"第二條，各省都有！名始終受法國總督調遣的警務官。他統領６０名武裝的當地人，必要時得調往各地維持秩序，導致忠順與安寧。

"第三條，各省應有１名責任監察官，監查租稅和國家歲入的征收事宜，這種租稅和歲入過去是屬于馬穆魯克的，現在則是屬于共和國的；在監察官之下應有一些必要的經理人員。

"第四條，每一個監查官應有一名法國人充任總管，他應向中央財政部門報告，并堅決執行他可能得到的一切命令。"

正當拿破侖致力于重建埃及的政治制度時，突然傳來了法國艦隊在海上覆滅的消息，拿破侖震驚了。

原來，納爾遜發現自己判斷錯誤以后，立即調轉船頭尾隨法國艦隊而來。８月１日，納爾遜艦隊的瞭望塔終于發現了停泊在阿布基爾灣的布律埃斯艦隊。當時，法國艦隊在這開闊浩瀚的阿布基爾水域沒有充分的防衛設施。８月１日下午，納爾遜艦隊的１４艘戰艦，載著１０００多門火炮，順風駛至阿布基爾。法國艦隊指揮立即發出緊急集合信號，可這時幾乎有一半人員還在岸上搜集飲水和給養。納爾遜判斷在法國艦隊的停泊線和淺灘之間，必有足夠的地方可容英國艦只插進去，于是，他作了一個極為大膽、近乎冒險的決定：把艦隊一分為二，５艘軍艦插入法國艦隊和淺灘之間，其余艦只則在朝海的一面，沿著法國軍艦停泊線活動，從兩方夾攻法艦。法國艦隊在面臨陸地的這一面沒有配置炮手，因為他們作夢也不會想到這一面也會受到攻擊。法國艦隊左右兩邊受到英艦近距離的炮火轟擊，只有招架之功，無還手之力。黃昏時，法旗艦"東方"號爆炸，艦隊司令布律埃斯陣亡。次日拂曉，除了兩艘主力艦和兩艘巡洋艦得以逃脫外，其余艦只均已喪失行動能力。

拿破侖素以精力旺盛，鎮定自若而著稱，可他得知這一悲慘消息后，也經不住這突如其來的打擊，他臉色發白，悲痛萬分。他一眼就估量出這幕慘劇所帶來的致命后果：同法國一切交通都被切斷，返回法國的全部希望也隨之斷絕，除非屈尊向一個不共戴天的敵人投降。當他的秘書規勸他耐心等待督政府的幫助時，他怒氣沖沖地嚷道："督政府里盡是一幫混蛋！他們嫉恨我，恨不得我死在這里才快活。而且，你看全軍有多么不滿，誰也不愿呆下去。"

拿破侖相當地激動了一陣�？刹痪�，籠罩著他的這種陰暗情緒就消除了，他又恢復了堅定自制和鎮靜。他意識到他現在最迫切的任務是振奮部隊精神，驅散悲觀情緒。他鼓舞部下說："這樣，我們被隔絕在埃及的土地上了。這很好。我們必須在驚濤駭浪的大海上活下來，大海會平靜下來的�；蛟S命運注定我們要改變東方的面貌。我們一定要留在這里，像古代人那樣在這里完成偉大的功業。""埃及曾經是一個強盛的帝國。它在向英國的進攻戰中具有多么優越的位置！""我們將不得不創立一個大帝國�！Ｑ蟀盐覀兒妥鎳珠_了，可是隨便哪個海洋都不能把我們和非洲分開，也不能把我們和亞洲分開。我們的人數很多，我們不會缺少補充我們隊伍的人力，我們也不會缺少彈藥。"拿破侖的一番話使士氣低落的軍隊重又充滿信心和希望。

艦隊的喪失使拿破侖確信，必須迅速而有效地把埃及組織起來，必須在埃及站穩腳跟，因為法軍還要在此地呆相當長的時間。拿破侖那靈活的、愛思索的腦袋似乎有使不完的勁，戰爭、防務、稅收、政府、法院機構、貿易、藝術和科學，全都引其他的注意。他毫不遲疑地發出一道道命令和指示，為的是防止與失敗俱來的迫在眉睫的危險。８月２１日，拿破侖以法國科學院為模式建立了埃及科學院，蒙日任院長，拿破侖任副院長�？茖W院的任務就是促進埃及的進步和傳播文化�？脊艑W者、地質學者和歷史學家從尼羅河到阿斯旺瀑布，考察古代王國的遺跡�？茖W家、工程師們則研究防治傳染病和設計灌溉工程。在總工程師、建筑學家勒佩爾的領導下，他們正在進行蘇伊士地峽的水準測量和聯結地中海、紅海的運河開鑿工程。由于艦隊的覆滅，專家學者們失去了絕大部分的財物和許多機械設備，很多事情不得不從頭做起。他們擴大谷物的耕種面積，建造大型烘爐和面包房，以解決糧食供應的困難；他們建造啤酒廠釀造土啤酒，以滿足部隊需要；他們建立鑄造廠和制硝廠，以供應機器、工具和火藥。所有這一切就是為了使法軍不需要依靠歐洲后方而生存下去。

為了確立法國人在埃及的絕對統治地位，拿破侖對一切膽敢與法國人作對的人絕不手軟。駐守在亞歷山大港的克萊貝爾將軍以叛國罪逮捕了這個城市的百萬富翁西弟·穆罕默德·艾里·科拉伊姆。此人被押送到開羅后，法軍告訴他，如果想救救自己的腦袋，就交出３０萬金法郎�？纱巳藚s認為生死在于天命，他說："如果我注定現在死，那就什么也救不了我，即使交出錢也沒用。假如我注定要死，那我為什么還要交出這些東西？"拿破侖命人砍下他的腦袋，并將其腦袋拿到開羅街上示眾，上面寫著："這就是所有叛徒和違反誓約者的下場。"艾里·科拉伊姆的死引起了一些富裕的阿拉伯人的恐慌，他們如數拿出了法軍所要的一切。

由于法軍的勒索，開羅在１７９８年１０月末爆發了一次大規模的起義。起義軍的勢力一度很強大，將前去鎮壓迫義的１５名法軍全都剁成了肉泥。拿破侖怒不可遏，派出大軍前去鎮壓，起義失敗，起義者均被絞死。

這次暴動后不久，又有一阿拉伯人部落襲殺了一隊法軍。拿破侖立即命令克魯阿澤副官前去包圍整個部落。血腥的鎮壓開始了，房屋被毀壞，男人被殺光，婦女兒童被帶到開羅。幾個小時后，開羅廣場上出現了一些馱著麻袋的驢子。麻袋打開后，只見那些被殺死的男人的頭顱在廣場上滾來滾去。開羅居民被這恐怖的一幕嚇得魂飛魄散。從意大利到埃及，拿破侖一直認為"嚴懲幾個"是控制被征服地區的有效手段。因此，只要誰膽敢觸犯一下法國士兵，誰就會受到這位總司令的嚴厲懲罰。

埃及已成為拿破侖的掌中之物，可一個意外消息使他對這一切感到淡然無味了。他從朱諾那里得知留在巴黎的約瑟芬繼續與夏爾中尉保持著曖昧關系，暴跳如雷，氣得連話也說不連貫："約瑟芬！……我在千里之外！……你就這樣欺騙我呀！……離婚！公開離婚！讓大家都知道！……這兩個該死的家伙！……我要親手干掉這兩個傷風敗俗、不知羞恥的劣種！……"拿破侖脾氣變得越來越壞。為了安慰自己，他與一位騎兵尉官的妻子勾搭上了。

約瑟芬的不貞使他的情緒非常低落，他寫信給哥哥約瑟夫說："我需要離群索居。壯麗豪華使我感到膩煩，感情的源泉已經枯竭，對榮譽索然寡味。年僅２９，卻已歷盡滄桑。"可拿破侖畢竟是拿破侖，這種悲觀情緒并沒有持續多久，他對戰爭的熱情和強烈的征服欲使他拋開兒女情長，跨上戰馬又出發了。進軍敘利亞

土耳其見自己的領地埃及被法國人占領，十分惱怒，蘇丹立即派兵朝埃及進發，向法國宣戰。１７９９年２月，拿破侖留下狄舍將軍保衛埃及，自己率１２０００人向敘利亞進軍，迎擊土耳其軍隊。

進軍敘利亞的路途同樣是艱苦的。沙漠行軍的疲勞以及飲水的缺乏使得士兵怨聲載道。他們咒罵共和國，咒罵發起這次遠征的人。幸好沿途城市非常軟弱，它們一個接著一個向拿破侖投降。２月１７日，法軍占領阿里什堡，接著又占領了加沙。２月２８日，這支疲憊不堪的隊伍第一次遙望見敘利亞青蔥肥沃的田野，士兵們不禁聯想起祖國的田園，一種思鄉之情油然升起。山巒和綠洲暫時使人忘卻了遠征的辛苦與艱難。

３月４日，法軍包圍了美麗的城鎮雅法。拿破侖向城中居民宣布道："若是投降，可保全身家性命。若是頑抗到底，一旦雅法被攻占，城中居民一律殺光。"雅法沒有投降，法軍開始猛攻。６日，雅法陷落。法軍沖進城中，見人就殺，見東西就搶。這時有人來報，大約４０００名全副武裝的土耳其士兵退守在一個設防很堅固的陣地里，拿破侖立即命博阿爾內和克魯阿澤率軍前去收拾他們。當法軍到來時，陣地上的守軍高聲呼喊："如能饒命就投降，否則，誓死堅守陣地，直到流盡最后一滴血。"博阿爾內和克魯阿澤見敵軍人數眾多，恐硬拚難以取勝，便答應了他們的要求。這些土耳其士兵離開陣地，交出了武器。

當博阿爾內和克魯阿澤帶著４０００名俘虜回來報告時，拿破侖怒氣沖沖地指責道："你們要我拿這批人怎么辦？我有糧食供應他們嗎？還是有船裝運他們去埃及或者法國？你們為什么這樣給我辦事呢？"兩位將軍辯解說，總司令曾指示他們要禁止殺戮。"是的，"總司令以滿腔熱情答道："對于婦女、孩童和老人即一切和平居民，但不包括武裝士兵。你們的職責是要他們去死，而不該把這幫不幸的家伙帶給我，你們要我把他們怎么辦？"當天，拿破侖召集各位師長討論如何處置這批俘虜，各師長一致認為現在口糧已不足，士兵們已多有怨言，再也不能把面包發給敵人吃，否則，軍隊將發生嘩變。拿破侖猶豫不決，翻來覆去思考了３天，最后決定將這批俘虜槍斃。第四天，４０００名俘虜被押至海岸，一陣槍響，全部俘虜倒地而斃，這一慘劇令每個在場的人不寒而栗。

攻占雅法之后，瘟疫開始在軍中流行，法軍損失了約８０００人。但瘟疫并沒能阻止拿破侖的前進。３月２０日，法軍包圍了阿克爾城堡。阿克爾城堡位于三面環水的半島上，是巴勒斯坦的軍事要沖，也是土耳其總督杰扎爾賴以頑抗的據點。阿克爾城堡有大炮２５０門，其守將是一位年長而英勇的人，他率領著一支非常強大的守城隊伍。另外，阿克爾城堡還得到了一個英國海軍支隊的支援，這個海軍支隊擁有２艘戰艦和幾艘炮艇，其指揮是英國人西德尼·史密斯。在英國海軍的旗艦上還有一位暫時充作英國陸軍上校的法國炮兵軍官菲利波。菲利波原是拿破侖在布里埃納軍事學校的同學，因參與反革命叛亂而被囚禁在巴黎的監獄。１７９８年４月２１日，他同一些王黨分子一起幫助扣押在巴黎的英國軍官西德尼·史密斯逃出監獄。３月１５日，他們到達阿克爾。由于他們二人在城中協助作戰，更增加了法軍攻克阿克爾城堡的難度。

這天，裝載攻城火炮的法國船只到達阿克爾海邊，拿破侖立即下令攻擊。不巧海上大霧彌漫，看不清前面的目標，法軍船只一直沖入到英國海軍的懷抱中，英國海軍不費吹灰之力便將船上的法軍擒住了。船上的大炮也被土耳仆人拿來對付法軍了。盡管沒有大炮攻城，拿破侖還是包圍了要塞的陸墻。３月２８日，法軍發動了第一次不成功的突襲。４月１日，又發動了一場突擊，仍未成功。法軍不僅攻城損失慘重，而且每周死于瘟疫的多達１４０人。在此之前，拿破侖從未遭受過失敗，這次，他仍相信幸運之神不會其他而去。就在幾次攻擊失敗以后，他還這樣對秘書布里昂說："我知道這個倒楣的地方已奪去我許多人的性命，消費了我許多時間。但是，事已至此，不能不試最后一著。如果我如愿以償地成功，我會在城中找到總督的財寶和可供３０萬人的武器。我要鼓動并武裝敘利亞的平民，他們憎恨杰扎爾的殘暴。你也知道，每次攻勢中，他們都默禱他的毀滅。然后，我要向大馬士革和阿勒波進軍。向這個國家挺進時，不滿暴政的百姓將云集在我的旗幟周圍，擴大我的軍隊。我要向民眾宣布廢除奴役制和土耳其的暴虐政府。我要親率大軍光臨君士坦丁堡。我要推翻土耳其帝國，并在東方建立一個偉大的新帝國，把我的名字載入史冊。"

拿破侖對未來充滿必勝信心，可阿克爾城堡守衛的強大卻打破了他的東方之夢。法軍圍攻阿克爾城堡歷時２個月，期間猛攻８次，均以失敗而告終。由于損失慘重，拿破侖不得不放棄圍攻。５月１７日，拿破侖宣布返回埃及。拿破侖至死仍對沒有攻陷阿克爾城堡感到遺憾，他在圣赫勒拿島的回憶錄中說："如果阿克爾早陷落，我當改變世界面目。""東方的命運決定于那個小鎮。"

５月２０日，法軍乘夜間悄悄撤離阿克爾城堡。病號和傷員已先期２天送走了。撤退比進軍時更加艱苦，因為已經到了５月末，這些地方酷熱難忍。士兵們既為難熬的干渴所折磨，又為火一般的烈日所暴曬，個個意志消沉。為了鼓舞士氣，拿破侖不允許自己和其他高級軍官有任何特殊化。瘟疫越來越嚴重，患者不得不留下，只有傷員仍舊帶走。拿破侖命令所有的人急忙趕路，馬、所有四輪車和馬車全部用來運載傷員。這個命令下達以后，他的一個負責管理馬匹的軍官認為總司令應當例外，問他要哪一騎馬，拿破侖大發雷霆，上前給問話的人一個耳光，并大聲喊道："全體步行！我第一個先走！難道你不知道命令嗎？滾蛋！"

由于缺少馬匹，許多重炮不得不丟棄在沙漠里。士兵們對大炮的丟失倍感痛心，因為大炮曾使他們屢戰屢勝，大炮曾使歐洲為之震驚。

５月２４日，法軍回到雅法。拿破侖下令炸毀該鎮。２７日，一聲巨響，該鎮頓時夷為平地。１小時之后，拿破侖與數名醫師商議后決定，用藥物提前結束那些已瀕于死亡的疾病患者的生命。

法軍繼續在酷熱的沙漠中穿行。干渴難忍的士兵常�？匆娔翘摶玫暮Ｊ序讟�，盡管每次上當，但每次看見時仍奔向那空幻的湖泊。等奔至近前，這些湖泊便化為鹽堿沙漠，失望之情難以言喻。戰馬也因貪飲沙漠中的咸水，大量倒斃在路旁。

經過２５天的艱難行軍，６月１４日，法軍終于抵達開羅。為了穩定人心，拿破侖發布了一些哄人的公告，他說："我帶回了大批俘虜和軍旗，我已掃平了杰扎爾的宮殿和阿克爾城墻。全體居民都已由海道離開該鎮，杰扎爾受了重傷。"他說回轉開羅只不過是由于穆拉德貝伊又出來作亂了。他命繆拉將軍前去圍剿穆拉德貝伊。穆拉德聞訊，迅速退去了。

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